Sinopsis
Pemimpin Team Rocket, Giovanni, telah menemukan Mewtwo di daerah terpencil di wilayah Johto. Saat Giovanni mencoba menangkap kembali Mewtwo, Ash dan teman-temannya diculik oleh Domino, anggota baru Tim Rocket, saat mencoba menyelamatkan Pikachu dari Jessie dan James. Pokemon Klon juga ditangkap dan kemudian digunakan sebagai umpan untuk Mewtwo. Situasi kemudian menjadi pertarungan antara keinginan Mewtwo dan Giovanni; dan Mewtwo juga mencoba mencari tahu apakah klon tersebut dan klonnya memiliki tujuan hidup, meskipun mereka adalah produk sains.
